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La gestione di una riserva naturale trova nella tutela della biodiversità uno dei suoi elementi cardini, e la vegetazione di questa Riserva è particolarmente ricca di specie, in particolar modo legate alla presenza di acqua: si può osservare, infatti, la presenza di specie delle acque ferme come la Lenticchia d’acqua (Lemna minor) ed il Sedano d’acqua (Apium nodiflorum).
Nell’area sorgentizia è stata rilevata, tra l’altro, una dominanza di Ranunculus repens, localizzato in strette fasce ripariali, mentre più a valle risultano presenti anche il Crescione d’acqua (Nasturtium officinale), il Garofanino d’acqua (Epilobium hirsutum) e la Menta acquatica (Mentha aquatica). Lungo il corso del Vera sono presenti anche aspetti di vegetazione acquatica radicata a prevalenza di Potamogeton pectinatus e molto più sporadici nuclei di Ranunculus fluitans.
Il territorio della Riserva e l’intera area sorgentizia risultano fortemente caratterizzati, inoltre, dai filari di specie legnose arboree ed arbustive che delimitano i corsi d’acqua principali ed i canali di derivazione. Particolare rilevanza hanno i saliceti con Salice bianco (Salix alba) e Salice rosso (Salix purpurea), localizzati in vari punti. Nello strato arboreo è presente anche il Pioppo nero (Populus nigra).
A questi si aggiunge un contingente di arbusti tra cui spicca il Ligustrum vulgare, oltre ad un lussureggiante sottobosco con equiseti (Equisetum arvense) e farfaracci (Petasites).
L’elevata antropizzazione ha provocato negli ultimi anni un impoverimento ed un restringimento di alcuni degli aspetti più peculiari della vegetazione, soprattutto legnosa, andrebbero quindi create delle fasce di rispetto lungo il corso d’acqua.
In altre aree, l’abbandono delle pratiche agricole ed in particolare dello sfalcio, con la concomitante esondazione del fiume, ha contribuito all’espansione dei nuclei di vegetazione a piccole carici, molto rari e peculiari.
La conservazione di tali comunità, che, seppur molto limitate, costituiscono un elemento di pregio della vegetazione della Riserva e contribuiscono a qualificarne la diversità vegetazionale, è legata al mantenimento di una fascia di terreno palustre o periodicamente invaso dall’acqua.